3.台资企业转型升级困难重重。近几年来，随着国内外经济情势的变化，过去台资企业靠“代工”经营的模式面临挑战，如生产成本高、用工成本高、融资成本高和税收负担重等问题。面对以上经营困难，台资企业必须转型升级，否则将面临生存问题。但受客观经济环境的影响，台资企业转型升级困难重重，主要包括：一是，是否有充足的资本；二是，是否有足够的技术支撑；三是，是否有强有力的外部援助，如政府出台相应的配套措施等。促进台资企业转型升级，是台商、政府以及社会层面都需要思考的一个重要问题。
（三）非经济层面的挑战
两岸经贸关系绝非单纯的经济关系，还要受到非经济因素的影响。主要包括：一是岛内部分民众对两岸经贸存在疑虑，并且这种疑虑在岛内始终存在；二是岛内政局变化的不确定性给两岸经贸带来挑战；三是美国实施“亚太再平衡战略”，增强了两岸经贸的难度和不确定性。
四、面向未来、深化合作
回顾过去三十年的两岸经贸关系发展历程，一个显着的特点即中国大陆经济是推动两岸经贸发展的强大动力，展望未来，大陆的发展仍然是决定两岸经贸发展前景的关键因素。经过近三十年的高速增长，大陆经济目前进入了新常态，亦即经济增长速度从高速向中高速转变，产业结构及技术水平从低水平向中高水平转变，转变在增长方式和提升经济发展的创新能力是其核心。为此，大陆以进一步深化体制改革和加大对外开放力度作为推动力，深化体制改革和加大开放力度将会在产业准入、简化审批等方面给两岸经贸合作领域的拓宽及效率的提升带来新的契机，将会有助于有效解决台资企业在大陆发展过程中的历史遗留问题。
另一方面，大陆经济即将迎来十三五规划的新的发展时期，怎样利用这一机遇把两岸经贸合作有机地融入大陆未来发展趋势中，互蒙其利，造福于两岸民众，这是进一步推动两岸和平发展的核心内涵。为此，针对两岸经贸发展过程中面临的挑战和存在的问题，应该立足两岸关系的全局，通过理念和政策的创新，形成各方协力，共同促进两岸经贸发展。
（一）通过区域创新与经济整合，两岸携手共同融入全球经贸格局
当前全球经贸格局面临着自1994年乌拉圭回合谈判结束以来最大的一轮重构，其涉及范围之广、涵盖领域之新、改革力度之大，实为罕见。在新一轮的全球经贸重构过程中，大陆不再仅仅是全球经贸规则的接受者，而是以建设者的角色参与到全球经贸规则的重建，不断体现“中国身影”、发出“中国声音”。在当前全球经贸格局重构的大背景下，两岸经济整合是必然趋势。欣慰的是，两岸经贸已有了较好的合作基础，但如何维持并不断推进两岸经贸合作，需要新的机遇、新的理念。可巧的是，当前大陆提出的“一带一路”和自由贸易区等区域创新战略，为两岸经贸整合提供了重大机遇。如何理性看待、切实把握和有效利用当前机遇，是需要两岸同胞共同思考的问题，可从以下几个方面考虑：一是消除两岸经贸合作疑虑；二是科学评估当前区域创新战略所带来的利润空间；三是构建能够务实有效地促进两岸区域整合的体制、机制。
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