实际上，多年来，这些任务模块的研发与使用进度并不一致，有的任务模块后来干脆被“剔除”，主要原因就是在技术与制造环节，一些问题尚未找到解决方法。
濒海战斗舰的水面作战模块，主要包括直升机、“长弓地狱火”反舰导弹、30毫米口径自动炮和刚性充气艇等。这一模块已经研发成功并部署，目前仍在持续升级。
相比之下，濒海战斗舰的水雷战模块有些“难产”，其研发和部署迟滞了多年。根据公开资料，水雷战模块的重要组成部分“刀鱼”中型反水雷无人潜航器和无人感应扫雷系统，分别于2021年和2022年才交付和达到初始作战能力。2023年，濒海战斗舰的这一任务模块和AN/AQS-20声呐探测组件获得初始作战能力。2024年，美国海军独立级堪培拉号首次搭载反水雷无人水面艇执行任务。
濒海战斗舰的反潜模块在各个任务模块中研发进展最慢。反潜模块包括一个多功能拖曳阵列、SQQ-89水下作战系统和双模阵列发射器等。因为存在技术问题，反潜模块的测试和认证工作一再推迟。最初计划在2019年使反潜模块获得初始作战能力，后来推迟到2021年。2022年3月，美国海军最终决定，不再为濒海战斗舰安装反潜模块，未来该任务交由星座级导弹护卫舰来遂行。
事实上，即使濒海战斗舰3个任务模块全部研发成功，也无法做到“即插即用”。原因在于，已经研制成功的任务模块，不仅换装过程冗长，而且在实际操作时必须停靠在具备一定条件的港口才能实施。
各种瓶颈的存在，使得濒海战斗舰项目成本飙升。根据2022年2月美国政府问责局的一份报告，美国海军濒海战斗舰项目的行动和保障费用达600亿美元。这一数字几乎是2011年预估费用的两倍。
企图凭借新武器装备“续命”
在巨额的成本超支压力之下，濒海战斗舰项目一时陷入困境。美国海军不得不做出决定，让部分濒海战斗舰提前退役。
在美国2023财年预算方案中，计划一次性提前退役的自由级达9艘。一般来说，濒海战斗舰的计划服役年限是25年，而这9艘自由级当时的平均服役年限还不到4年，全部建造成本高达45亿美元。美国海军安排其退役也有理由：一是2021年的一次评估结果表明，当时的濒海战斗舰采购数量超出了需要；二是提前退役这些濒海战斗舰，每年可以节省5000万美元的维护费用。
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