二、影响两岸经济制度化合作成效的主要因素
影响两岸经济制度化合作成效，既有两岸经济关系发展步入深水区等客观层面的因素，更有合作理念偏差、保护主义与歧视性做法等主观层面的原因。
（一）两岸经济关系步入深水区，结构性问题凸显
其一，两岸互信不足构成两岸经济合作的障碍。
其二，两岸经济竞争性增加两岸经济合作的难度。
其三，利益分配复杂性制约两岸经济合作协商进程。
（二）台湾方面合作理念有偏差，保护主义严重
两岸经济关系发展过程中，台湾当局迄今尚未给予大陆WTO会员待遇，对大陆经贸政策没有遵守WTO的最惠国待遇原则，表现为如上所述的禁止或过分限制进口大陆产品，禁止或过分限制台商投资大陆，禁止或过分限制陆资入台投资，等等。
除此之外，在两岸经济交流合作中，台湾方面存在明显的合作理念偏差，一个主要的表现就是台湾当局大陆经贸政策的保护主义心态严重，影响两岸经贸活动正常化、自由化与便利化及其协商进展。
其一，在推进两岸经济合作中，台湾方面较多注重自身经济利益，而对两岸共同利益重视不够。
其二，在推进两岸经济合作中，台湾方面较多注重台湾生产者利益，而对消费者利益重视不够。
其三，在推进两岸经济合作中，台湾方面较多注重台湾短期利益与静态利益，而对长期利益、动态利益重视不够。
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