但是，卜睿哲对两岸关系的前景也抱持担忧，主要在这么几个方面：
一，如果在国际空间和安全问题上大陆不改变原有政策，就会使得两岸关系再起冲突，这是最为敏感的问题。他因此建议说：北京如果想赢得台湾领导人和人民的信任，早晚要面对台湾的国际空间及安全问题，并拿出具体行动来。台湾则应小心处理主权问题，在不损及长期利益的情形下，暂时搁置不予理会。
二，如果大陆操之过急，急于进入推动统一阶段，两岸关系会出问题。他分析说，马英九已经说过在他任内不会有统一问题﹐这是很重要的政治意识。解决两岸争端的障碍太深太广﹐不是领导人说一说就可以﹐何况台湾内部也还没有建立足够的共识﹐如果北京说统一将在近期或中期实现﹐那么它就会变成问题。
三，如果台湾不自我强化，届时将无法保持与大陆互动的主动权。他说，台湾亟需强化经济、军事、“外交”、心理层面。这些作为的重要性不言自明，而且能让台湾抗衡居于优势的中国大陆，但这些措施唯有靠政治制度才能推动、落实。一旦政治体系失去正常功能，面对越来越强盛的中国大陆，台湾将更居于劣势，在2020年时，台湾人民原本该有的选择空间更可能荡然无存。
卜睿哲的担忧，反映了美国政府的担忧。如果说，美国在今后一个阶段要影响、甚至要制衡两岸关系，上述三个方面绝对是着力点：一，在国际空间与安全问题上制衡两岸。二，在发展速度上制衡两岸关系。三，在强化驾驭台湾方面制衡两岸。
即使不是卜睿哲驻台，任何一个人受命驻台，都不可能放弃这些思考。当然，美国的如意算盘能否打响？有待观察。
在2005年，卜睿哲出版论著《Untying the Knot（解开死结）》，他在书中点出，两岸间的“结”不是一边独自编出来的，而是两边不断纠缠，而且又互相拉扯，使结越打越大，越拉越紧。 他将两岸的结分为主权的“结”和安全的“结”。他建议，两岸应该通过谈判来找到一个双方对于“一个中国”的共同理解，从而顺利打开纠结。
卜睿哲的思考，对两岸关系影响很大。马英九就说，卜睿哲的《解开死结》，在圈内受到很多肯定，对两岸关系有很多着墨，“最近三年来两岸关系的发展，也跟他所分析的情况大致上有一定程度的符合”。
卜睿哲这个台湾通、大陆通，也遇到了形势在变化的新问题。如果今次真的可以派驻台北，我们希望卜睿哲一定要做到，先换脑筋，先观察形势，再做新的思辩，提出新的思维。我们衷心期盼，卜睿哲能为两岸关系的和平发展，彻底地打开所有“死结”，提供更具有参考意义的意见。 |
