1、在积极建构台日结盟大战略下，绿营在钓鱼岛问题上没有明确的主权立场。绿营不敢理直气壮地讲钓鱼岛的历史与法律地位，不讲“钓鱼岛是固有中国领土”这一历史事实，也不愿讲在法理上“钓鱼岛是中华民国的领土”，在政治现实面前至多讲“钓鱼岛是台湾的”，“钓鱼岛是我们的”等这种抽象的政治语言。
民进党在极力拉拢日本及企图建立“台日政治安全同盟”的战略下，在面对或处理钓鱼岛问题上始终以维持台日关系为重，维护钓鱼岛主权为次。2009年3月，民进党主席蔡英文访日期间，呼吁日本在亚洲经济发展和安全保障上扮演“积极的领导角色”，帮助台湾因应“中国的阻挠”。针对钓鱼岛问题，蔡英文表示，“台湾对钓鱼岛主权的主张”与中国大陆“完全无关”。就在日本政府推动钓鱼岛“国有化”与在东海问题上展示强硬姿态时刻，2012年5月出任民进党主席的苏贞昌却表示，“台日外交优先，两岸不应合作”的原则，强调“台湾与日本的核心利益是一致的”。2013年2月，苏贞昌访日时，回避钓鱼岛争议和安倍参拜靖国神社等重大事件，却积极倡议建构美、日、台、韩“民主同盟”。最典型的是2015年8月，李登辉公然公开在日本表示“钓鱼岛是日本领土”（以前也有多次表示）及引起外界强烈批判之时，蔡英文仍是轻描淡写的讲“钓鱼岛是台湾的”。这是抽象的政治术语，没有法律支持，更没有对李登辉的错误言论给予批判。
2、绿营支持美日安保条约适用于钓鱼岛，认为台湾的钓鱼岛政策主张与作为应符合美日利益。2012年8月，在港澳保钓人士登上钓鱼岛被日本非法扣留后，马当局表现了民族大义立场，要求日本尽快放人；民进党称“被逮捕的是大陆与香港人士，不关台湾的事，台湾要求放人，会得罪美国和日本”，并称“美日安保条约是东亚和平的基石，马当局不断冲撞美日安保体系，是在制造纠纷、制造困扰”。这就是民进党对钓鱼岛的立场，为获得美日支持，连台湾所属岛屿钓鱼岛都可放弃，是典型的“卖台”行为。
3、绿营将马当局处理钓鱼岛争议主张作为“打马”手段。在钓鱼岛问题上，民进党与台联党不是蓝绿合作一致对外、对日，更不是维护台湾利益，而是进行政治斗争，重点在“打马”。在绿营的政治认知里，要求马当局在钓鱼岛问题上与中国大陆争主权，而不是与日本争主权。
4、反对与攻击马英九与大陆联合保钓（其实并非如此），攻击马英九对大陆的海洋基线将台湾包括在内不提出异议。在民间呼吁的两岸联合保钓问题上，马当局也是消极、保守的，不赞成两岸联合保钓，原因复杂，其中背后一定有美、日的强大压力，但马英九在主要问题上还是明确、坚定的，但民进党则坚决反对甚至尽最大努力防止两岸联合保钓。民进党发言人林俊宪表示，马英九派“海巡署”的公务船保护五星旗去钓鱼岛，在国际上造成台湾与中国联手抗日的错误印象。
（三）小结
共同性：⑴将维持台日关系置于处理钓鱼岛争议问题之上或者说解决钓鱼岛争议必须服从台日关系大局，整体呈现亲日观。⑵均强调和平协商解决争端。⑶均不主张海峡两岸联合保钓。⑷均主张以多边参与的和平方式解决包括钓鱼岛在内的东海区域的领土之争。⑸认同通过国际法与国际法庭解决。
差异性：⑴马当局或蓝营对钓鱼岛主权立场明确，民进党则比较模糊抽象，不明确。⑵马英九在“亲美、和中、友日”总体战略下，在东海与钓鱼岛问题上，既重视大陆，不存在“联日抗中”思维与政策；民进党则有显着的“联日抗中”思维。这一点从陈水扁执政到苏贞昌、蔡英文均有这一思想。⑶马英九是“主权与渔权”并重，民进党则是“重渔权轻主权”。⑷绿营支持美日安保条约适用于钓鱼岛，认为台湾在钓鱼岛上的政策作为应符合美日利益，马当局或蓝营则持保留态度。
台湾蓝、绿两党在南海问题上的政策主张之异同
海峡两岸大致均于上世纪90年代初开始重视南海争端问题，并提出各自的政策主张与基本原则。海峡两岸的南海政策主张有诸多一致之处：均强调“主权在我”，强调中国（台湾称为“中华民国”）拥有南海主权；主张“搁置争议，共同开发”，“和平利用”，“和平解决”。
目前海峡两岸及台湾内部南海政策主张存在三个较为明显的差异：即海峡两岸对南海主权与海洋权益的政策主张差异，台湾内部蓝绿两大政治阵营对南海政策主张的差异，台湾当局与民间对南海的主张差异。总体上，大陆对南海的主权立场明确而坚定，台湾当局虽明确但不够坚定；岛内蓝营立场相对明确，绿营态度则较为暧昧；台湾当局立场软弱消极，民间立场则相对积极。
（一）马当局与蓝营的南海政策主张及其演变
台湾当局与蓝营的南海政策主张有一个发展变化过程。抗战胜利后，国民政府派遣海军收复南海诸岛，并绘制南海国界地图，以“十一条断续线”标注中国南海疆域线，其中有五个南海岛屿就是用五艘军舰名字命名的。国民党退居台湾后，在南海主权争议问题上一直坚持“中华民国”（中国）拥有南海主权，但较少付诸行动，对大部分海域与岛屿没有真正行使行政管辖权。
上世纪80年代后期，台湾当局面对南海形势的变化，开始关注南海问题，并有较明确的政策主张，基本上延续了历史上中国政府对南海的主权主张。进入90年代初，台湾当局开始讨论与制订南海政策。1993年初，经过反复讨论，台湾“行政院”公布《南海政策纲领》。其前言中明确写到：“南沙群岛、西沙群岛、中沙群岛及东沙群岛，无论就历史、地理、国际法及事实，向为我国固有领土之一部分，其主权属于我国”，同时明确确认“U型疆线”之内海域为“历史性水域”。同年5月，台湾“行政院”核定《南海政策纲领实施纲要》。1994年10月，台湾“行政院”修正通过“内政部”拟定的“南海问题讨论会结论”，就如何坚定维护南海主权、如何加强南海开发管理、如何积极促进南海合作、如何处理南海争端与如何维护南海生态环境等问题进行讨论。1995年，“美济礁事件”及南海争端升高后，台湾方面不断重申“中华民国”拥有南海主权，但更强调以协商方式共同开发南海资源与保护南海环境。同年6月，台湾“行政院”批准成立“南海突发事件紧急处理小组”，显示在这一时期台湾当局非常重视南海问题，态度比较明确清晰，并且制订了一套较为详细具体的政策。
不过，民进党上台执政后，台湾当局的南海政策发生了重要变化，在主权伸张上出现倒退现象。
2008年初，国民党重新上台执政后，面对南海问题的新争议，马英九当局能够明确表明立场，不断重申“中华民国”对南海的主权与共同开发立场。每遇南海争端事件尤其是越南、菲律宾等侵犯南海主权问题时，台湾当局就会重申：“南沙群岛、西沙群岛、中沙群岛、东沙群岛及其周遭水域，属中华民国固有领土及水域”，强调“主权在我、搁置争议、和平互惠、共同开发”的基本原则，主张与周边国共同开发南海资源。近两年来，马当局重新加强太平岛的军力部署与防卫。2011年5月，在菲律宾声称对南中国海拥有主权的时候，台军方就表示向太平岛部署导弹舰艇和坦克等重型武器。2012年初南海形势加剧以来，马英九在南海问题上的立场更明确，更强硬。2012年4月17日，马英九在出席“国防部会议”时强调，“绝不承认中国大陆与南海周边国家签订的搁置争议、共同开发的任何协定和条约，南海及其所属岛屿均属于中国领海和领土，中华民国政府和国军将采取一切必要的措施，捍卫祖国主权”⑥。
2015年5月26日，马英九提出《南海和平倡议》，总原则依然是“主权在我、搁置争议、和平互惠、共同开发”。主要内容有五点：⑴自我克制，维持南海区域和平稳定，避免采取任何升高紧张情势之单边措施。⑵尊重包括联合国宪章及联合国海洋法公约在内这些相关国际法原则与精神，透过对话协商，以和平方式解决争端，共同维持南海地区海、空域航行及飞越自由安全。⑶将区域内各当事方纳入任何有助南海和平繁荣的体制与措施，如协商建立海洋合作机制或订定行为规范。⑷搁置主权争议，建立南海区域资源开发合作机制，全面规划、共同开发南海资源。⑸就南海环境保护、科学研究、打击海上犯罪、人道援助与灾害等非传统安全议题建立协调及合作机制。这可以作为马当局与蓝营总体的最新南海政策主张。
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