上海东亚研究所成立于1995年11月，是专门从事东亚问题研究的民间学术机构，其着重点在于台、港、澳问题研究，辐射至中、日、美关系。
上海东亚研究所坚持解放思想、实事求是、理论联系实际的学风，以“摆事实、讲道理、明是非、求共识”为方针，对东亚各国及对海峡两岸动态资讯进行跟踪研究，要求基础研究和动态研究并重，以科学性、预见性和可行性并重，力争出思想、出战略，并广泛吸纳上海学术精英的思想与成果，以民间的思考为政论的决策服务，以理论研究成果为我国社会主义现代化建设和独立自主的和平外交政策服务。
上海东亚研究所实行以所务会为领导的所长负责制，下设学术委员会、理事会，力图团结上海学者专家、社会活动家、企业家共同参加研究与学术活动。经费由理事会筹措与提供。
上海东亚研究所尚处初创阶段，目前正逐步同国内外有关学术团体、专家学者建立不同形式的交流合作关系，将举办各类学术研讨会、报告会、组织参访、赞助出版、资助科研专案等社会活动。东亚所设有东亚会馆，为会员与成员提供餐饮休闲。
上海东亚研究所以《东亚动态》、《东亚专报》为研究所内部刊物，并与香港《中国评论》合作，作为喉舌，向社会提供公开成果。同时，赞助出版《东亚丛书》。研究所负责人：
顾问：张志群、周明伟、袁采
名誉所长：陈佩尧
所长：章念驰
副所长：胡凌炜
所长助理：钟焰
所学术委员会负责人：
主任：陈佩尧
顾问：高文魁
副主任：俞新天、杨洁勉、沈丁立、郭伟锋、潘振强
委员：于申、仇长根、卢秀璋、李秀石、朱政惠、吴寄南、陈鸿寿、周建明、周洪钧、赵晓雷、林尚立、崔志鹰、葛剑雄、蔡鹏鸿（按姓氏笔划）
所理事会负责人：
理事长：刘枫
顾问：张竹
常务理事：王永光、毛培生、卢诗强、任洪良、李伟兵、陈白淮、洪建一（按姓氏笔划）
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