胡浩：“环节动作越多，带来的风险就越大，这是最复杂的探月之旅是毫无疑问的。嫦娥五号的系统已经很复杂了，中间过程很多，这次又加上了中继星，天上的目标就更多了，变数就是挑战。”
落月之后，首先要解决的一大挑战就是通信问题。
逯运通：“整个月球背面和地球其实是没有办法直接建立通信的，我们在月面的工作需要中继通信来保证月面的工作受地面操作人员控制。”
由于月球公转和自转时间同步，导致月球的一面永远无法面向地球，因此，就需要给它找一个好帮手，为它提供地月间中继通信。这个通信的桥梁就是鹊桥二号，也就是专家所说的中继星。在嫦娥六号发射之前，鹊桥二号中继星已经发射升空。对于嫦娥六号任务的月背着陆，鹊桥二号起着至关重要的作用。
逯运通：“目前，鹊桥二号已经和嫦娥六号探测器完成了中继对冲测试，整个测试结果非常好，测试结果也是满足要求的。”
除此之外，探测器面临的另一大挑战就是月背的采样和样品封装。嫦娥六号任务将沿用嫦娥五号的采集方式，使用钻孔取样和月表取样两种采样方式，获得不同层面和深度的样品。
吴伟仁：“这两种方法能否都成功，尤其是钻取，钻取有时候存在风险，例如钻在较硬的石头上，这时风险可能较高。”
嫦娥五号钻取采样的时候，钻头就遇到了坚硬的石块，反复回转切削的效果并不理想。而这一次，嫦娥六号因为是在月背采样，面临的情况也更为复杂。
逯运通：“嫦娥六号在月背工作，采样时间其实大大缩短了，人类对于月背月壤的特性研究还不是特别充分，我们进行月壤采集，也有很大的不确定性。”
采样完成后就将开展月面上升、环月轨道交会对接等工作。此次嫦娥六号任务还提供了开放的国际合作机会，它搭载了4个国际载荷，分别是欧空局月表负离子分析仪、法国月球氡气探测仪、意大利激光角反射器以及巴基斯坦立方星，用来开展多项科学探测。
胡浩：“遴选国际载荷，国家航天局专门发了通告，向全世界来征询，有意向进行搭载。国际载荷也在寻求合适的搭载机会，一个我们是免费给他们去搭载，另外一个，他们的一些数据也提供给我们的科学家进行分析，实现双方互利的目标。”
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