第二阶段的转型理论没有意识到扭曲的内生性。在转型时，新自由主义的理论听起来也是非常有说服力的，只要有政府的干预扭曲，必然有资源的错误配置和寻租腐败等。但是，为什么按照那样的理论指导去进行转型，导致的结果是经济增长的速度比原来慢、危机发生的频率比原来更高呢？最主要的原因是新自由主义理论忽视了原来在转型之前的各种扭曲也是内生的。那些扭曲、干预、补贴为什么存在，因为转型前要优先发展的产业资本太密集，这种产业中的企业在开放竞争的市场当中没有自生能力，不给补贴就活不了。按照新自由主义的观点，要建立像发达国家那样有效的市场，必须同时推行市场化、私有化和宏观稳定化，政府财政预算必须平衡，也就是要把各种保护补贴一次性取消掉。取消掉的结果是，原来那些不符合比较优势的产业就活不了，因此就会出现大量的企业破产，导致大量的失业，就会有社会不稳定等问题，经济也就会崩溃。由于主流的转型理论忽视了这种扭曲的内生性，尽管理论模型的逻辑很严谨，根据理论所做的建议很清楚，可是，按这些建议来转型的结果却比原来更糟。
经济学理论创新的必要性和方向
中国过去70年的发展是理论创新的金矿。比较而言，新中国成立后的前30年跟其他社会主义国家或其他发展中国家没有多大的差异；而在过去40年改革开放进程中走了自己的道路，创造了人类经济史上不曾有过的奇迹，需要进一步探究其背后的道理。在总结中国的发展经验以进行理论创新方面，我国的经济学家有“近水楼台先得月”的优势。
现在的主流经济学理论来自发达国家，一般总结于发达国家的现象和经验，也没有结构内生性的概念，于是以发达国家的产业、技术、制度等作为最优的结构。例如，金融对现代经济运行至关重要，教科书里讨论的金融制度安排一般都是发达国家适用的制度安排，包括大银行、风险资本等。这种制度安排适合发达国家资本很密集、技术很先进的情况，生产活动和技术创新需要大量资本投入、风险非常大。可是，在发展中国家百分之七八十的生产活动集中在小型的农户和微型、小型、中型的制造业和服务业企业。生产用的技术一般是相对成熟的技术，生产的产品也是相对成熟的产品，需要的资本规模较小，风险主要集中在经营者的能力和信用问题方面，如果按照主流金融经济学的教科书仅依赖风险资本、大银行等，就会发现实体经济的特性跟金融安排的特性不配套，金融没有办法服务实体经济。
总之，现在的主流经济学一般把发达国家的结构作为给定的最优结构，把发达国家的产业作为要发展的目标。上世纪八九十年代转型的时候，把发达国家市场经济制度结构当作最优结构，忽视了扭曲的内生性，导致的结果就是出发点非常好、效果非常差。以主流的现代经济学理论作为经济运行方方面面的指导原则，同样会忽视发展中国家和发达国家结构特性的差异而不适用。现代经济学的理论要在发展中国家发挥作用，就要求在理论中反映出发展中国家和发达国家结构的差异，并了解内生性对经济发展、转型和运行的影响。
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